A história da paróquia inicia com a ocupação da região conhecida como “Capitão” desde o final do século XIX, quando a localidade abrangia grande área entre Palmas e Arroio Grande.
Por volta de 1850, imigrantes alemães começaram a colonizar a região — entre as primeiras famílias estavam as de Nicolau Ames, Henrique Hartmann, Marcos Bioeu, Mathias Gregori, João Batista Gasparotto, Luciano Delarezi, Estéfano Giaretta e Cornélio Rizzi.
As primeiras celebrações católicas vinham sendo realizadas pelo padre da cidade vizinha (de Lajeado), que ministrava missas numa escolinha local.
Em 1918 foi construída a primeira capelinha de madeira, em terras doadas por Damiano Fachini e Cornélio Rizzi, para atender à crescente comunidade.
Posteriormente, em 1934, iniciou-se a construção de uma igreja de alvenaria no local da capela de madeira. Atualmente, essa estrutura antiga serve como capela mortuária, espaço de reuniões e catequese.
A paróquia foi oficialmente instituída em 3 de maio de 1953, por decreto do então arcebispo Vicente Scherer. Na época da criação eram nove comunidades filiadas.
O primeiro pároco nomeado foi o Luís Rech, empossado em 10 de maio de 1953. Entre seus primeiros atos estiveram a criação do Apostolado da Oração, o “Clube de Mães Sant’Ana”, a construção das capelas de São Luiz e da Linha Marinheira, e a inauguração do cemitério católico da comunidade.
Com o crescimento da comunidade, em 1975 iniciou-se a construção de uma nova igreja — que veio a ser inaugurada em 14 de maio de 1978.
Após a emancipação municipal de Capitão (1992), a paróquia seguiu crescendo. Em 23 de fevereiro de 2008 foi inaugurado o novo Centro de Pastoral, fortalecendo a estrutura de atendimento, formação e pastoral da comunidade.
Desde então, a Paróquia Nossa Senhora do Rosário permanece como centro espiritual, social e comunitário de Capitão, atendendo fiéis locais e mantendo tradições, pastorais e atividades de evangelização.